地质工程研究所基于青藏高原强烈隆升的区域构造地质背景，面向西部重大基础建设项目，围绕水利水电工程、道路工程、新能源工程和防沙治沙工程，重点开展区域稳定性、场地适宜性和地下洞室围岩稳定性的评价。通过主持和参加973、863、自然科学基金和省部级基金等项目，发表论文120余篇，发明专利80余项，科研累计经费进账约4000万元，获省部级成果和奖励10余项。
岩体力学领域，围绕黄河上游大型水利水电工程建设，本学科方向参与了多个建设项目的工程论证，基于系统动态演化的学术思想，研究了高地应力、低地应力、饱水等复杂地质环境条件下，特殊岩体的工程特性、演化机理、可利用性，为设计单位提供详细的工程对策建议。在地下岩体方面，研究围岩力学性能演化机理和复杂三维地质建模等，为大型地下厂房和长埋隧道的信息化施工、超前地质预报和加固工程设计提供依据。
区域工程地质研究领域，从水-土相互作用的角度研究了黄土地区重大灾害链的发生、演化与防控的理论研究，从赋存环境及病害发育特征的角度编制了青海省明长城区域保护规划，研究边坡锚固体系的地震动力响应及强降雨地区植物护坡机理，获得多项锚杆设计发明专利，为云南省高速公路边坡加固工程设计提供技术支持。
场地工程地质领域，开拓了文物保护工程地质研究新领域。从古代遗址赋存地质环境的整体性出发，强调文物本体保护与场地历史风貌保护的协调统一，在本体加固保护的同时，制定遗址区地震、崩塌、泥流、洪水等防治方案，得到国家文物保护单位的实施。相关研究成果还将由国家文物局向中东国家推广应用。针对西北地区严重的水土流失和沙漠风蚀问题，提出植物固坡机理和生态恢复方案，并成功的将理论研究成果用于实际工程中。
地质工程研究所将进一步开拓高放废物地质处置工程研究方向，加大与岩土工程方向的融合与协作，在缓冲屏障材料性能研究基础上，为甘肃北山备选处置库场地评价及处置库围岩稳定性评价，发挥兰州大学独特的地域优势和学科综合优势。